Group of Dr. Constantin Hoch - Faculty for Chemistry and Pharmacy
Group of Dr. Constantin Hoch - Faculty for Chemistry and Pharmacy
Die Auslöschungsbedingungen zeigen deutlich, dass man es mit der Raumgruppe P212121 probieren sollte:
-----------------------------------------------------------------
-- Programm zum Testen systematischer Interferenzbedingungen --
-----------------------------------------------------------------
19699 hkl - Reflexe
1449 0kl - Reflexe
944 h0l - Reflexe
510 hk0 - Reflexe
20 h00 - Reflexe
31 0k0 - Reflexe
50 00l - Reflexe
700 hhl - Reflexe
-----------------------------------------------------------------
Interferenzbedingung verletzt staerker als Beugungs-
0sig 2sig 4sig 6sig 8sig symbol
Reflexe nur vorh. f.
hkl h+k+l=2n 8149 2383 1467 1123 882 I - - -
h+l=2n 8196 2336 1445 1131 879 B - - - |
h+k=2n 8184 2391 1434 1120 904 C - - - | F
h+l=2n 8156 2393 1469 1087 839 A - - - |
0kl k+l=2n 603 221 165 126 106 - n - -
k=2n 612 209 156 124 102 - b - -
l=2n 599 218 165 132 102 - c - -
h0l h+l=2n 395 117 63 57 54 - - n -
h=2n 394 140 79 71 61 - - a -
l=2n 389 131 80 68 55 - - c -
hk0 h+k=2n 217 96 69 58 50 - - - n
h=2n 220 94 60 47 37 - - - a
K=2n 225 96 73 53 47 - - - b
hhl l=2n 274 110 85 71 54 - - - c
2*h+l=2n 274 110 85 71 54 - ? ? ?
2*h+l=4n 409 170 135 118 88 - - - d
h00 h=2n 8 0 0 0 0 - 21- -
h=4n 13 4 4 4 4 - 41- -
0k0 k=2n 10 0 0 0 0 - - 21-
k=4n 17 7 4 4 4 - - 41-
00l l=2n 13 0 0 0 0 - - - 21
l=4n 25 6 4 4 0 - - - 41
l=3n 25 6 6 6 2 - - - 31
l=6n 29 6 6 6 2 - - - 61
-----------------------------------------------------------------
Auch die E-Wert-Statistik sieht sehr azentrisch aus. In P212121 lässt sich die Struktur auch super einfach lösen, man findet sofort das K und das I, I ist dabei ein deutlich höherer Fourier-Peak als K. Vor der ersten Verfeinerung sollte man in Erwartung der vielen leichten Atome vielleicht gleich PLAN 20 durch PLAN 50 ersetzen.
SHELXL mault, das Modell sei invertiert. OK, das lässt sich durch MOVE 1 1 1 -1 lösen. Schweratome anisotrop machen und EXTI einführen, das "schärft" die Differenzfourier-Karte. Man findet eine Menge Peaks in sinnvollen Abständen zu K. Alles rein tun, nicht zimperlich sein (ich habe die ersten 20 Q reingenommen). Man kann sofort die 6 an K koordinierenden O-Atome erkennen, der Rest kann als C verfeinert werden. WGHT geht runter, EXTI ist auf 0 und wird wieder rausgenommen. Ich schreibe REM davor, damit ich sehe, dass ich's schon mal versucht habe und es auf 0 war.
Man sammelt eventuell fehlende Atome ein und benennt sie strukturchemisch sinnvoll. Dann ist ein StructureTidy kein Fehler. MERG 4, ANIS, etc, alles wie gehabt fertig verfeinern.
Man beachte: es gibt ein Kristallwassermolekül! Nicht vergessen!
Das Ganze funktioniert ganz gut, aber ist nicht berauschend. Das ist für Organik, die bei RT gemessen wurde, völlig normal, man beachte die Auslenkungsparameter!
Die CH2-Gruppen werden lehrbuchmäßig mit einem "riding model" eingefügt, da man die Positionen bei dieser Datenqualität unmöglich aus der Differenzfourierkarte entnehmen kann. Das macht man mit HFIX 23 C1 C2 C3 ... (die 2 erzeugt -CH2-, die 3 lässt zu, dass die Koordinaten der H-Atome direkt geometrisch an das nächstgelegene C-Atom gekoppelt werden. Die Uij werden ebenfalls aus denen der C-Atome, an denen das H hängt, abgeleitet. Das nennt man Restraints, in diesem Fall ein "riding model". Das H-Atom "reitet" auf seinem C-Atom.
H-Atome an Wassermolekülen sind nur verfeinerbar, wenn man sie tatsächlich in der Differenz-Map findet. Alles andere ist auch Quatsch. Nur durch starke Wasserstoffbrücken fixierte H-Atome machen Sinn.
WGHT anpassen - Fertig!
zurück zu den Beispieldatensätzen